El 10 de septiembre de 1834, Rocafuerte fue aclamado por el pueblo guayaquileño como presidente de la República, pero puso a las órdenes de Flores el ejército que había logrado formar, y juntos consiguieron la victoria definitiva en la batalla de Miñarica, cerca de Cuenca. El 31 de enero de 1834 fue proclamado Jefe Supremo del Estado en Quito y el 1 de febrero en Cuenca, con lo que se consolidó la unidad nacional en torno a su persona. En febrero convocó la Convención Nacional en Ambato, de la cual excluyó al clero. Esto le valió la excomunión por parte de la jerarquía eclesiástica, a la cual él respondió con el destierro al Perú del Vicario y otros sacerdotes que se oponían a sus ideas.
En agosto de 1835 fue elegido Presidente Constitucional, comenzando así un período de cuatro años que resultó uno de los más fecundos en la historia del Ecuador. Su programa de gobierno reflejó no sólo los intereses latifundistas de la Costa vinculados al comercio internacional, sino también los de las demás regiones del país. Bajo esta perspectiva consideró al trabajo productivo como responsabilidad del gobierno, en la medida en que éste debía generar las condiciones necesarias tanto para la producción como para la libre circulación de productos de la agricultura y de la industria. En lo referente a la educación, creó la Dirección General de Estudios y fundó varios establecimientos educativos, entre los cuales figura el primer colegio de mujeres; además, reorganizó los programas educativos de las universidades y también sus cátedras.
Terminado su mandato, regresó a la Gobernación del Guayas, donde continuó con su admirable gestión administrativa. En 1843 participó en la Convención de Quito, que reformó la Constitución permitiendo a Flores ser reelegido por seis años más. Rocafuerte protestó enérgicamente contra lo que él consideraba "Carta de Esclavitud", y optó por exiliarse en Lima. Desde allí atacó duramente al Gobierno de Flores en sus famosas Cartas al Ecuador, que contribuyeron notablemente para poner fin al régimen de Flores dos años más tarde.
El nuevo Gobierno, establecido en 1845, lo envió como diplomático al Perú. De allí regresó para actuar como diputado en la Convención de Cuenca y como presidente del Senado en 1846. Murió siendo plenipotenciario del Ecuador en Lima.
Rocafuerte fue sin duda uno de los más notables pensadores de la América revolucionaria y uno de sus más eficaces gobernantes. Hombre de sólida cultura, inteligente y activo, en México desarrolló una importante actividad intelectual adecuada a la nueva situación; en defensa de la República publicó Ideas necesarias a todo pueblo independiente que quiera ser libre; contra Itúrbide, el Bosquejo ligerísimo de la revolución de México, desde el grito de Iguala hasta la proclamación imperial; sobre problemas de las nuevas formas de gobierno, El sistema colombiano popular electivo y representativo es el que más conviene a la América independiente.
Otras obras suyas fueron Ensayo sobre las cárceles, el ya citado Ensayo sobre la tolerancia religiosa, Curso de filosofía moral, la serie de manifiestos A la nación y Ensayo político. Favoreció además la publicación de numerosas obras de instrucción en el Nuevo Mundo. Más que liberal y librepensador, Rocafuerte fue sobre todo un hombre de gran sentido práctico que trató de prevenir las graves consecuencias del despotismo político y de la tolerancia religiosa.
Otras obras suyas fueron Ensayo sobre las cárceles, el ya citado Ensayo sobre la tolerancia religiosa, Curso de filosofía moral, la serie de manifiestos A la nación y Ensayo político. Favoreció además la publicación de numerosas obras de instrucción en el Nuevo Mundo. Más que liberal y librepensador, Rocafuerte fue sobre todo un hombre de gran sentido práctico que trató de prevenir las graves consecuencias del despotismo político y de la tolerancia religiosa.
